Presenta amplia variedad, desde la costa hasta las partes
altas de la Sierra Madre del Sur; predominan las selvas húmedas al norte del
estado alcanzando su máxima representación en la Selva Lacandona. Le siguen los
bosques de coníferas y encinos y los bosques húmedos de montaña, así como los
pastizales cultivados. La agricultura ocupa 39% del territorio de la entidad.
Cuenta con 106 áreas protegidas de las cuales 18 son de carácter federal, 25
estatal y 63 municipales. En la selva húmeda: nutria de río, murciélago
pescador, jaguarundí, colibrí, sapo excavador, lagarto alicate y rana. En
bosques de coníferas y encinos: ardilla voladora, murciélago y musaraña. En el
manglar, caimán. En ambientes acuáticos: mojarra del Petén, cacomixtle y
ballena
jorobada. Animales en peligro de extinción: tlacuache acuático,
armadillo, oso hormiguero, pavón, águila arpía, mono aullador, saraguato, mono
araña, ocelote, jaguar, quetzal, mojarra panza colorada, tortuga golfina,
manatí y tapir.
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